Parentela

Parentela

Blog: genetica forense y probabilidad

Familias y mucho más
¿No os acordáis? sen^2 x + cos^2 x = 1 :))))))

relMix-pedigries 2

SoftwarePostado por Lourdes Prieto Solla mié, junio 06, 2018 17:40:26

Bueno, pues quedamos el otro día en ver cómo se hacen los pedigríes del caso de la mujer mantiene relaciones sexuales con dos hermanos, queda embarazada y quiere saber cuál de los dos es el padre del bebé antes de su nacimiento.

Como ya sabéis, lo primero que tenemos que hacer es listar los individuos necesarios para definir el pedigrí. En este caso necesitaremos al hijo, los dos presuntos padres, la madre y claro, también necesitaremos a los padres de los presuntos padres para poder definir que son hermanos entre sí. Vamos a darles los siguientes nombres: Child (hijo), Thore (PP1), Daniel (PP2), Mother (la madre, he tenido grandes tentaciones de darle un nombre de chica GHEP o llamarla Guro, pero no liemos las cosas…J)), A (padre de Thore y Daniel) y B (madre de Thore y Daniel).

Por tanto, el vector id sería:
c ("Child", "Thore", "Daniel", "Mother", "A", "B")

Las hipótesis de nuestro caso son: Thore es el padre vs. Daniel es el padre, así que los vectores dadid y momid serían, para cada caso:

Ped1: Thore es el padre:
c("Thore","A","A",NA,NA,NA)
c("Mother","B","B", NA, NA, NA)

Si leéis en vertical los tres vectores definidos hasta ahora, estamos diciendo que Thore y Mother son los padres de Child, y que A y B son los padres de Thore y de Daniel.

Ped2: Daniel es el padre:
c("Daniel","A","A",NA,NA,NA)
c("Mother","B","B", NA, NA, NA)

que significa que Daniel y Mother son los padres de Child, y que A y B son los padres de Thore y de Daniel.

Y finalmente, el vector sex, que es igual en ambos pedigríes, claro está:
c("male", "male", "male","female","male","female")

Vale, ya lo tenemos, ahora sólo tenemos que poner todo en orden y llamar a la función FamiliasPedigree. Quedaría así:

ped1 <- FamiliasPedigree(c("Child","Thore","Daniel","Mother","A","B"),
c("Thore","A","A",NA,NA,NA),
c("Mother","B","B", NA, NA, NA),
c("male", "male", "male","female","male","female"))

ped2 <- FamiliasPedigree(c("Child","Thore","Daniel","Mother","A","B"),
c("Daniel","A","A",NA,NA,NA),
c("Mother","B","B", NA, NA, NA),
c("male", "male", "male","female","male","female"))

¿Comprobamos si lo hemos hecho bien? Es muy fácil! Sólo tenéis que hacer lo siguiente:
- Abrir R
- Cargar la librería Familias escribiendo: library(Familias)
- Copiar el ped1 tal y como lo hemos escrito
- Ver la representación gráfica del pedigrí simplemente escribiendo: plot(ped1)

Y lo mismo para el ped2. Qué bonito! ¿verdad?

También podéis poner nombre a los pedigríes en la representación gráfica. Sólo tenéis que escribir en R:

par(mfcol = c(1,2))
plot(ped1); title("Thore")
plot(ped2); title("Daniel")
par(mfcol = c(1,1))

Como vimos en la presentación en pdf del post anterior, también se pueden escribir los pedigríes especificando los nombres de los vectores. Podéis verlo si descargáis los archivos ped1-Thore y ped2-Daniel.

Todo esto que os he contado, también sirve para Familias, claro está. Por ejemplo, si habéis definido los pedigríes en Windows Familias como en este archivo llamado trio, podéis ir a la ventana de Pedigrees, seleccionar un pedigrí y “Plot in R”. Os aparecerá una ventana con el código:

#Define the persons involved in the case
persons <- c("AF", "mother", "child")
sex <- c("male", "female", "female")

#Define the pedigree
ped1 <- FamiliasPedigree(id=persons, dadid=c(NA,NA,"AF"), momid=c(NA,NA,"mother"), sex=c("male", "female", "female"))

Ahora ya sabéis lo que significa todo eso!

Por cierto, Thore y Daniel, qué habéis estado haciendo para estar involucrados en este caso???
Thore dice que hay una palabra en noruego para definir la relación entre dos hombres que tienen relaciones sexuales con la misma mujer ('Buksvogere'), y que curiosamente, la versión en femenino de esta palabra ('Buksvigerinner') no existe virtualmente. También dice, sonriendo, que no hay traducción al español de estas palabras, quizás porque no sean necesarias en nuestro mundo latino... Está claro que está siendo muy sarcástico... no tenemos la palabra, pero desde luego la practicamos, tanto en femenino como en masculino smileysmiley!!! Yo creo que incluso habría que inventarse algunas palabras más, sólo hay que ver los casos de paternidad que tenemos en nuestros labs!!!!




Fill in only if you are not real





Se permiten las siguientes etiquetas XHTML: <b>, <br/>, <em>, <i>, <strong>, <u>. No se permiten estilos CSS y Javascript.